变性牛奶有消化不良、肥胖等危害。有些商家为了延长变质牛奶的保质期，通常会添加防腐剂。如果长期大量饮用添加了防腐剂的改性牛奶，可能会导致消化系统紊乱，消化不良。因此，建议消化系统不好的人避免饮用过多的改性牛奶。
改性乳的主要原料是牛乳和脱盐乳清粉，或脱盐乳清，再添加必要的矿物盐和维生素，使其达到规定的标准。
由于变性牛奶脂肪含量较高，部分变性牛奶添加了较多的糖分，整体热量较高。如果长期大量饮用变性牛奶，又不运动消耗多余的热量，就有可能在体内积累热量，导致肥胖。
