自然资源局下设办公厅、综合科、法规科、自然资源调查测试科、土地空土地用途管制科、耕地保护监管科、地址调查管理科、矿业权管理科、海洋预警监测科、国土测绘科、地理信息管理科等25个单位。
自然资源局下设办公厅、综合科、法规科、自然资源调查测试科、自然资源确权登记科、自然资源所有者权益科、自然资源开发利用科、国土空规划局、国土空生态修复科。
自然资源局还包括土地空土地用途管制科、耕地保护监督科、地址勘测管理处、矿业权管理处、矿产资源保护监督科、海洋战略规划与经济科、海岛管理处。
除了以上部分，还有海洋预警监测司、国土测绘司、地理信息管理司、国家自然资源总督察办公室、执法局、科技发展司、国际合作司、财产和资金利用司、人事处。
