先说联系：二者处于相同的行政级别，就相当于清朝的12级爵衔制度。如果处于同一单位，二者的薪酬待遇基本相同。在官阶晋升途中，二者的效力基本等同。
再说区别：前者是个实职，往往在基层单位中设置（县乡政府、地方企业）。大部分乡政府的乡长、乡党委书记，以及大部分县政府下属的局长，都属于科长之列（俗称科级干部）（就相当于地市级/厅局级官员，在中央称司长、局长，在地方称市长、局长、厅长）。后者是虚职，即没有实权，甚至不分管工作，仅仅是为了解决待遇的一种办法，使任职人员名正言顺地享受同级别待遇。有些单位二者并存，在薪酬上同等对待，在有关福利方面有所差异（用车、办公室空间、签字权、分房等方面）。此类职位往往在级别较高的行政事业单位（包括旧式的央企）中设置。比如在国家部委机关已经省级人民政府组成部门里，是不可能有“科长职务”的，但是有科员（顺序是科员、副主任科员-副科级、主任科员-正科级）。
另：有些单位（民企或乡镇举办的企业、外企）的组织机构中，虽然名称上有“科长”，但是仅仅是表示在机构中的职务序列而已（中层或中下层管理人员--不是下层），与官本位体制中的“科级”没有太多联系。
类似的还有：处长，处级调研员；司长，巡视员。等等。
副科级干部是最基层干部，属于最低级的行政干部。相当于一般建制的镇长级别。正科级干部是镇党委书记级别，上面就是副处级干部，相当于某某局长党委书记，正处级干部相当于一般建制县委书记级别。国有企业有中央国企和地方国企，中央国企由国资委直接领导，地方国企隶属于地方政府或者中央部委，级别有正部级、副部级、正厅级、副厅级、正处级、副处级、正科级和副科级。
是公务员的级别。一进去是办事员级，然后科员级，再上来就是科级，相当于乡级。再上去就是处级。处级也就是县级，军队相应的是团级，也有县处级，或者县团级的叫法。在上就是厅级。待遇就没准了，各个地区，各个单位千差万别。
关系如下：
（一）国务院总理：一级；
（二）国务院副总理，国务委员：二至三级；
（三）部级正职，省级正职：三至四级；
（四）部级副职，省级副职：四至五级；
（五）司级正职，厅级正职，巡视员：五至七级；
（六）司级副职，厅级副职，助理巡视员：六至八级；
（七）处级正职，县级正职，调研员：七至十级；
（八）处级副职，县级副职，助理调研员：八至十一级；
（九）科级正职，乡级正职，主任科员：九至十二级；
（十）科级副职，乡级副职，副主任科员；九至十三级；
（十一）科员：九至十四级；
（十二）办事员：十至十五级。
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