五军都督府和兵部都听命于皇帝， 五军都督府调有统兵权而无调兵权，兵部拥有调兵权而无统兵权。五军都督府和兵部相互节制互不统属。每逢战事发生﹐由皇帝命将为帅﹐调领五军都督府所辖卫所之兵佩印出征。军还即归印于朝﹐兵回卫所。
也就是说，五军都督府只管辖驻扎在各地卫所的驻军，负责养兵。兵部凭将印帅印对皇帝所授予兵权的将领用兵进行调派。获得授权的将领负责用兵。明朝中期，有一个与军事行动有关的机构，叫“五军总督府”。当然，明朝也沿用了前朝在中原地区建立的“六部”制，以军部为中心。陆军部负责武官的选拔和考核，以及军事制度、军事训练、军事招募、边防、武器装备等项目。这似乎与五个军事长官的职能有一些重叠。
五军总督府是什么由朱元璋于1361年建立的五军总督制，在明朝建立后一直存在。1368年明朝建立后，朱元璋逐步加强了皇权的统治，确立了明帝国皇权至上的地位，确立了皇帝对军队的绝对控制。当朱元璋废除丞相制，全面巩固皇权时，朱元璋将大都督府改为五军都督府。朱棣迁都北京后，明朝又在北京和南京建立了5个军都。文堡改换后，明朝五军总督的地位逐渐下降，军队的地位逐渐上升，直至明朝灭亡。
那么，明朝为什么要设兵部，既管军队，又设五位军督呢这是机构设置中的重叠吗首先，五军督府的出现是明朝建立前朱元璋设立的军事领导机构，最早的名称是大总督府。这是为了加强朱元璋对军队的控制。元朝末年，朱元璋参加了郭子兴率领的红巾军，推翻了元朝的腐朽统治。在红巾军时期，朱元璋作战勇敢，军队纪律严明。朱镕基本人成为郭天所手下红头巾军的左副元帅。由于红巾军中的滁州、贺州两军为朱元璋本人征募兵员，朱元璋成为红巾军郭天肃群的实际领袖。
如果要建立霸权，还需要加强对军队的绝对控制。刘邦、刘秀、李世民、赵匡胤等皇帝之所以能称霸山河，是因为这些皇帝在担任统帅时，有一支忠于自己的强大军队。朱元璋也不例外。而且，当时朱元璋面临的敌人比较强大，陈有良、张士诚、方国珍等人都是朱元璋的敌人，朱元璋还面临着北方的军事威胁。这使得朱元璋必须建立一支绝对忠于自己的军队，实现对军队的绝对控制。
明朝五军都督府，是一个因朱棣皇帝御驾亲征，而增设的中央大军统带机构。
五军是指中军、前军、后军、右军、左军，五军都督府除了在朱棣手中，发挥过重大军事职协调和统带能外，此后一直都是闲散武将挂职的机构，五军都督府大都督的头衔，在明朝很长一段时间里，都是由徐家两系的侯爷兼领。
后来，五军都督府名义上，管辖着京城的五城兵马司，算是接手了京师的城防任务。实际上，京师的城防任务，一直都握在皇帝本人，又或是锦衣卫手中。李自成打进京师，宦官能够开门献城，就是因为宦官把持了守门的锦衣卫。
兵部，是历代朝廷管理全国军事的常设机构。
明朝中后期士风日盛，朝廷潜规则“以文御武”，兵部要职权柄皆被文官所垄断，地方驻军的武官，当到参将（三品）以上，皇帝没有特别军务委任，如镇守边关苦寒之地等，就会被调到京师的五军都督府挂职享福，平时不再拥有实际的兵权！
明朝一直以来把亲王当猪来“放养”，文官掌权后也把高级武将当猪来“圈养”，五军都督府就是高级武将的——猪圈！
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