一、宣慰司和宣政院的区别：
1、含义不同：
⑴元朝设宣政院掌管全国佛教事宜和西藏地区军政事务。属中央行政机构。
⑵元朝在边疆的少数民族设立宣慰司，以管辖边疆少数民族地区的军政事务。隶属于宣政院，属地方行政机构。
2、职能不同：
⑴宣政院：掌管全国佛教事宜和西藏地区军政事务。其职责上主要包括以下几个方面：
①负责对西藏地区的军事管理。有关西藏地区的重要军政事务，都必须从宣政院直接发布命令，或由宣政院派官前往当地处理。显示了中央政府对西藏地区的直接统治。
②荐举官员。西藏地区各机构中的高级官员的任命由宣政院或帝师荐举。
③管理驿站。为了加强对西藏地区的管理，并陆续在藏区设立了31个驿站，驿站负责传送公文，支应过往官员食宿、马匹等。
④负责对佛教事务的管理。宣政院是管理西藏地区的最高行政机构。
⑵宣慰司：管理边疆的少数民族地区的军政事务，宣慰司是介于省与州之间的一种偏重于军事的监司机构。元朝中央政府在西藏地区设置了三个宣慰使司都元帅府，具体地实施着元中央和宣政院的各项职能。
不过，由于三个宣慰司的具体情况不同，在民政管理上有一定的差异。军事和驿站是当时最为重要的两个方面。因此各宣慰司在职能上都侧重于管理军事和驿路交通，有专门的管理元朝驻军和地方军队的官员，也有负责驿站及军队后勤的官员。对于民政，则主要委托地方首领管理。元代在西藏地区担任官职的除藏族地方首领和宗教领袖外，还有蒙古人和畏吾儿人、汉人等。
3、长官由来不同：
⑴宣政院长官称“院使”，掌握实权，宣政院设“院使”二人。一人由中央政府总理全国政务的右丞相兼领，一人由西藏上层喇嘛教主充任。宣政院第一任行政长官有国师八思巴（西藏喇嘛教主）担任。由于宣政院设在大都（今北京），西藏历任帝师也都在大都供职。
⑵宣慰司长官称“宣慰使”，是负有承上启下的一个地方区划的军政最高长官。在元代，西藏地区的高级官员须通过宣政院或帝师荐举，并由中央朝廷授职，其任职者多为当地僧俗首领。
3、下设机构不同：
⑴宣政院：在西藏地区下设乌思藏、纳里速、古鲁孙三路宣慰使司都元帅府，直接管理地方事务。
⑵宣慰司：下设有宣抚司、安抚司、招讨司、万户府、千户所等机构。
二、两者之间的关系：
西藏地区设宣慰司，由宣政院统一管理；宣政院在西藏下设三道宣慰司；西藏是宣政院直辖地。其他少数民族地区设宣慰司，不由宣政院统一管理。
1、宣慰司是介于省与州之间的一种偏重于军事的监司机构，一般掌管军民之事。它是中央机构。而宣政院是元朝掌管全国佛教事宜和藏族地区军政事务的中央机关。由帝师兼领。对地方管辖的话，宣慰司更侧重。
2、宣慰司是对地方进行管理的。它是介于省与州之间的一种偏重于军事的监司机构，一般掌管军民之事。它是中央机构。宣慰司长官官称宣慰使，是负有承上启下的一个地方区划的军政最高长官。
宣政院是1288年以后设立的，宣政院，初名总制院，是元朝统治中国时期设立的一个直属中央政府管辖的国家机构，负责掌管全国佛教事宜并统辖吐蕃（今西藏）地区的军政事务。另外宣政院所辖吐蕃之地，分设三道宣慰司，吐蕃等处宣慰司都元帅府（又称朵思麻宣慰司）、吐蕃等路宣慰司都元帅府（又称朵甘思宣慰司）、乌思藏纳里速古鲁孙三路宣慰司都元帅府（又称乌思藏宣慰司）。
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