两者的标识颜色不同，甲类药品OTC是红色，乙类药品OTC是绿色；两者的销售途径不一样；两者的报销比例不同，甲类药品一般可以报销全部，而乙类药品只能报销一部分。
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1 甲类药物是临床治疗所必需的，应用广泛，疗效好，在同类药物中价格低廉。乙类药物可供临床治疗，疗效好，价格比同类药物中的甲类药物更高。
2 参保人使用“甲类”药品时，可全额纳入报销范围。
3 参保人使用“乙类”药品时，如未注明个人负担比例，个人应先承担10%的药品费用，其余部分纳入医保基金支付范围。已标明个人负担比例的，由个人按标明的比例负担，其余部分纳入医保基金支付范围。
4 甲类诊疗项目是临床诊疗所必需的、安全、有效、可负担的。
5 《乙类目录》诊疗项目可供临床诊疗，疗效确定，但需适当控制和使用。《乙类目录》中的部分项目应根据临床适应症、医院级别和专科特点、医技人员资质等进行限定。
6 甲类的otc标识为红色标记，乙类的otc标识为绿色标识。这两类的主要划分标准是基于安全性。总体上能归结为otc均为安全性经过验证良好的制剂。相对来说乙类的安全性更好，而甲类的安全性需要进一步验证。
7 甲类药品otc甲类与乙类之间是可以互相转化的。甲类如果经过一段时间的使用，证明安全性高，是可以重新批准为乙类的。过去批准的乙类品种如果发现安全性不能确保，也可以改成甲类的。当然otc目录是定期要进行调整的。
8 甲类药品是临床治疗必需的，使用广泛、疗效好，同类药品中价格较低的药品；由国家统一制定，各地不得调整，使用“甲类药品”所发生的费用，按基本医疗保险的规定支付。乙类药品是可供临床治疗选择使用，疗效好，同类药品中比“甲类”药品价格略高；乙类药品由国家制定，各省、市、区根据当地经济水平、医疗需求和用药习惯适当进行调整，但不能超过国家制定乙类药品总数的15％ ，与医保无关的费用即所谓的丙类费用全部由现金支付。
甲类otc：只能在具有《药品经营许可证》配备执业药师或药师以上技术人员的社会药店，医疗机构药房零售的非处方药。
乙类otc：除了社会药店和医疗机构药房外，还可在经过批准的普通零售商业企业零售的非处方药。
参考资料：
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