二者的区别：
1、历史不同。
南京博物院中国最早创建的博物馆之一，是一座大型综合性的省级历史与艺术类博物馆，其前身是1933年蔡元培等倡建的国立中央博物院筹备处（也就是国民政府时期的中央博物院）。
南京博物馆，其正式名称应为“南京市博物馆”，其前身为解放初期成立的南京市文物保管委员会，1978年更名为“南京市博物馆”
2、级别、大小不同。
南京博物院是国家级博物院，是目前我国仅次于北京故宫博物院的第二大博物院，为全国重点文物保护单位。
南京博物馆是南京市级的一座综合性历史艺术类博物馆，是江南地区最大的古建筑群，为江苏省重点文物保护单位。
3、地址不同。
南京博物院位于南京城东中山门内中山东路321号，占地约13万平方米。
南京博物馆位于朝天宫4号。
4、藏品不同。
南京博物院拥有各类藏品42万余件（套），馆藏数量居中国前三，上至旧石器时代，下迄当代；既有全国性的，又有地域性的；既有宫廷传世品，又有考古发掘品，还有一部分来源于社会征集及捐赠，均为历朝历代的珍品佳作和备受国内外学术界瞩目的珍品。
青铜、玉石、陶瓷、金银器皿、竹木牙角、漆器、丝织刺绣、书画、印玺、碑刻造像等所有文物品类一应俱有，每一品种又自成历史系列。
南京市博物馆的藏品则相对较少，藏品类别也多于南京历史相关。
5、门票价格不同。
南京博物院是免费，儿南京市博物馆则需要20元的门票。
扩展资料：
南京市博物馆所处的朝天宫是江南地区建筑等级最高，面积最大，保存最完整的古建筑群。朝天宫之名，系明洪武十七年（1385）太祖朱元璋下诏亲赐，取"朝拜上天"之意。现存建筑为清同治五年（1866）重建，占地面积约四万平方米。
京博物院占地13万余平方米，为“一院六馆”格局，即历史馆、特展馆、数字馆、艺术馆、非遗馆、民国馆。另全院设“六所”的研究部门，即考古研究所、文物保护研究所、古代建筑研究所、陈列艺术研究所、非遗保护研究、古代艺术研究所，并设有中国博物馆中唯一的民族民俗学研究机构。
参考资料：
西安博物院和西安博物馆区别，西安博物院，隶属陕西省西安市文物局，是一座地方综合性博物馆。西安博物院文物展馆的陈列由基本陈列、专题陈列、临时陈列三部分组成。位于西安小雁塔，2007年对外开放。
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