正常结局是独裁者消灭反叛军，反派亲儿子死亡，主角成为反派干儿子，丹尼的计划本来是想跟朋友亚历荷一起搭船前往美国，无奈遭到军队的伏击受困圣所岛，接受了自由民阵营首领克拉拉的帮助。
在完成圣所岛任务的序章后，克拉拉会依约给予玩家一艘破船，若玩家驾驶船只不前往任务点，直接驶离亚拉的话，便会触发隐藏结局。丹尼逃出亚拉来到美国，并收听着亚拉的新闻，安东卡斯迪路勦灭自由民等叛军。
隐藏结局的最后在电台广播中听到消息说雅拉的总统安东宣布反抗军的首领已经被特种部队击毙。
正常情况下在玩家如果正常选择的话玩家应该去战斗，也就是在玩家完成游戏的第一个行动Libertad Rises后，玩家可以选择留在抵抗组织中对抗独裁者的统治。并接取任务与雅拉的政府军战斗(游戏中虚构的反派势力)，最后成功获得了胜利。
在Libertad Rises任务完成观看过场动画之后，在游戏里地图上用一个光标将玩家指向下一步的战斗，但向相反的方向开船行进一会儿就会触发快速褪色的画面。
屏幕变黑之后会有一段CG显示玩家的角色前往了美国，在海边度假。然后会在电台广播中听到消息说雅拉的总统安东(BOSS)宣布反抗军的首领已经被特种部队击毙，达成隐藏结局。
《孤岛惊魂3》结局一共有两个，分别为：
1、结局1是选择拯救朋友们。在该结局下斯特拉责怨他为何要选择离开，他将不再是战士和英雄，不再是森林的王，将回归平庸的生活和枯燥的人生。杰森将手里的宝刀掷在地上，说要放弃残暴的屠杀，不再让人流血了。
这时丹尼斯跑过来斥责杰森，不该背叛拉克亚特，不该抛弃斯特拉，说着朝杰森刺来，斯特拉挺身挡住这一刀，临死前对杰森说我爱你。最后在杰森的痛苦之中游戏结束。
2、结局2是和斯特拉相好。在该结局下斯特拉将龙纹宝刀贯入杰森的胸口，说他们的孩子将领导拉克亚特族，杰森生来是个战士，死时也是个战士。
孤岛惊魂3玩家的注意事项。
在玩孤岛惊魂3时要注意，不论是多人连线或合作模式，玩家都可自订装备、武器、技能和配件，挑选擅长的武器、用自己偏好的玩法进行游戏，游戏仍将保有高自由度的特色，而在关卡过程中，队友间除了并肩作战之外，通过突发的挑战事件、彼此也存在着些取竞争要素。
《孤岛惊魂5》结局是蒙大拿州希望郡，一个充满自由与勇士的土地，同时也是名为“伊甸之门”著名毁灭日邪教的所在地。邪教领袖约瑟夫席德在这里犯下了滔天罪行，并且企图彻底统治这里。开幕时的玩家即是身为郡警，与当地警长、法警等一行人前来逮捕约瑟夫席德。
结局攻略:
下飞机后一路都是剧情，跟随在剧情角色身后即可。在推开门进入集会所之前会自动存档——之后入内逮捕约瑟夫席德时，会让玩家选择给他戴上手铐。
如果3分钟没有动作，则警长会推开约瑟夫席德，并说,给我闭嘴听好。假如你帮他上了手铐，我们就没有人能活着离开这了，随后带着主角一行人扭头离开，游戏结束，完美结局。
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