不同结构与染料结合程度不同，染色是为了增大对比度，好看清结构。有时用一些染料是为了看见某一特殊的结构或物质，如用甲基绿-吡罗红显示DNA和RNA。有时是为了区分不同的细胞，如固绿-番红复染或者碱性品红-苏木精复染，可区分出纤维素与木质素细胞壁。
活体染色是利用某种对植物无害的染料溶液对活细胞进行染色的技术。中性红是常用的活体染料之一，它是一种弱碱性pH指示剂，变色范围在pH64-80之间（由红变黄）。
在中性或微碱性环境中，植物的活细胞能大量吸收中性红并向液泡中排泌，由于液泡在一般情况下呈酸性反应。因此，进入液泡的中性红便解离出大量阳离子而呈现樱桃红色，在这种情况下，原生质和细胞壁一般不着色；死细胞由于原生质变性凝固，胞液不能维持在液泡内。因此，用中性红染色后，不产生液泡着色现象。相反，中性红的阳离子，却与带有一定负电荷的原生质及细胞核结合，而使原生质与细胞核染色。
现在天然染色的染料来源主要是植物染料，其来源有：
我国幅员辽阔，地理、气候等自然条件复杂多样，染料植物资源丰富，植物染料染色的工艺、技术在历史上都享有盛誉，在许多乡村和少数民族地区还保留利用植物染色的传统，中国具有独特的纤维原料——丝绸为载体。因此应用现代科学技术开发植物染料这一宝贵遗产，提升染料植物资源利用水平，满足国内外对天然、环保及功能型纺织品日益增长需要，发展现代植物染料产业前景广阔，使植物染料染色这一古老的技艺，在新形势下，重新焕发青春。
主要可以从人工种植的植物中提取；可以从农副产品的废弃物中提取；可以从野生植物中提取。 部分蔬菜可以用作染料，有些不是食用部分，如丝瓜叶、洋葱皮等都可以做原料。总体原则：有计划，有目的的种植和采集；注意对含有色素植物材料的有效利用，以废弃物，杂草为主要原料不仅增加了附加值，降低了成本，同时也是环保的需要。
这首先是由该产品使用的染料性能所决定的。植物染色（草木染）使用的是纯天然的植物染料。植物染料主要来自于天然植物，有野生的，也有人工栽培的。很多染料植物本身就是中药，具有一定的治疗功能。 仅以我们使用的部分植物染料为例：茶叶 茶叶中含有多种化学成分,主要有多酚类化合 物,生物碱(咖啡碱)、儿茶素等。研究表明,儿茶素 对链球菌、金**葡萄球菌等微生物有抑制作用。 它还能抑制酪氨酸脱羧酶的活性。此外,它还有许 多药用功能如抗病毒、杀真菌、解毒抗癌等。日本 "敷纺"公司从天然茶叶中制取儿茶素处理加工棉织 物,加工出具有高抗菌防臭功能的产品"切巴夫兰 秀";"大和纺"公司也用这种儿茶素来处理加工出具 有防臭抗菌功能的棉制品"卡坦库林。石榴果皮 石榴为石榴科落叶灌木,原产伊朗。果皮可入 药,其萃取物有抑制胶原酶活性,可开发消费性能高 的生态学抗菌织物,并且其色素成分既可作为棉织 品的直接染料用,又可抗菌整理。日本都立卫生研 究所的实验结果表明,染色浓度在50%(按织物重) 以上,石榴染色具备符合卫生加工协会评定标准的 抗菌力和耐久性。此外,在染色牢度方面符合JIS 浴用毛巾的染色牢度标准。因此,日本正在把石榴 作为不污染环境的生态学抗菌整理剂来开发。艾蒿 艾蒿为一种菌科多年生草本植物,它主要成分 有1,8-桉树脑,α-守酮、乙酰胆碱、胆碱等,具有抗菌 消炎、抗过敏和促进血液循环作用。日本Unitika公 司的Evercare产品就是由艾蒿的提取物吸附在多孔 的微胶囊状无机物中制成。日本还有以艾蒿染色的 织物,用以加工制成患特异反应性皮炎患者的睡 衣裤。紫草 为紫草科多年生草本植物,《本草纲 目》云;"紫草,其功长于凉血,利大小肠,故豆疹欲出 未出,血热毒盛,大便闭涩者宜用之"。中医常用紫 草治疗热疮、胎毒、便秘、尿血等热毒症。现代医学 证明,紫草有抗菌消炎、抗病毒、抗肿瘤等多种药理 作用,临床用于治疗急慢性肝炎,肺结核、皮炎、湿疹、银屑病等症,疗效显着。 紫草醌为亮红色,乙酰紫草醌为紫红色,如采用紫草染色的服装面料做成老年人内衣裤,应有利于 老年人皮肤的卫生保健。类似的还有茜草、苏木等 媒染型有抗菌效果的植物染料。蓝草 马蓝,爵床科多年生草本植物,化学成分 主要为靛甙,存在于叶、茎之中,用发酵法制取靛甙。 马蓝的叶子也可作为大青叶入药,功效与蓼蓝、菘蓝 相近。马蓝根入药称"南板蓝根"与菘蓝根制做的 "北板蓝根"药用功能相同。中医认为大青叶具有清 热、解毒,凉血的功用,可用于治疗口疮、伤风、丹毒 等。现代医学证实大青叶对多种痢疾杆菌及脑膜炎 球菌有极强的杀灭作用,疗效显着且不产生病菌抗 药性。板蓝根与大青叶药用价值相近。 各种蓝草的叶、根、茎可以入药,靛蓝染料本身 也是一味中药。《本草纲目》日:"淀乃蓝与石灰作 成,其气味与蓝稍有不同,而其止血拔毒杀虫之功, 似胜于蓝"。马蓝为我国西南苗、瑶、侗等少数民族 常用的制靛蓝草,瑶族还有一支名曰"蓝靛瑶"的商 人,专以种植马蓝制靛为生。这些少数民族常年生 活在潮湿炎热的大山森林深处,一袭靛蓝染色的衣 服可能是他们抵御疾病疮毒的最好保健服。 以上这些植物染料仅仅是九牛一毛，还有更多的植物染料等待我们去发现，挖掘。正是有了这些染料运用于服装上，服装的功能性，环保型才大大增强。 我国植物资源丰富,古人开发利用药用植物 资源更是历史悠久;使用植物药的医方,汉方、秘方 更是历经千年检验。用现代科学技术挖掘和整理这 笔宝贵遗产,可以继续造福人类。随着科学技术的迅速发展,染整加工技术正 面临着许多变革,加速应用高新技术成果,将为纺织 品的染整加工开辟更广阔的领域,尤其是要求进行 无公害的"绿色"加工,生产"清洁"的有利于健康的纺织品。 从自然古老的植物上萃取有效成分，将其功能转移到纤维、衣料、床上用品等纺织品上，起到滋润皮肤、抗菌防臭的作用,有利于人的身心清新和健康延年。
茜草、红花、槐花等植物可以染色的。染料植物可分为草本植物，木本植物，还可按生长状态分为野生植物，种植植物，按染色性质分类还原型：某些植物染料不溶于水，需要使用还原剂使其溶解使之上染纤维，然后再氧化复变为不溶性而固着在织物上的染料。
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