1， 卫生证书是国外出具的，检疫证明是国内商检局出具的，证明的内容不一样。
2， 卫生证书是国外提供的清关资料，入境货物检验检疫证书是国内商检局在货物通关完毕后下发的一个产品证明；在我国经正规合法途径进口并经过海关监督管理的进口食品，都会获得《入境货物检验检疫证明》。
并且所有进口食品都应当获得《入境货物检验检疫证明》后方能进入市场销售。《入境货物检验检疫证明》上注明的品名、品牌、原产国、规格、生产日期等信息，应与所销售的进口葡萄酒信息完全一致。
3， 根据国家质量监督检验检疫总局《进出口乳品检验检疫监督管理办法》（第152号令）第十七条、《进出口水产品检验检疫监督管理办法》（第135号令）第二十一条、《进出口肉类产品检验检疫监督管理办法》（第136号令）第二十一条，对于进口乳品、肉类产品、水产品检验检疫合格后签发《入境货物检验检疫证明》。
4， 根据《进出口食品安全管理办法》（第144号令）第十八条，进口食品检验检疫合格的，检验检疫机构出具合格证明，准予销售、使用。这里所说的合格证明就包括了《入境货物检验检疫证明》和《卫生证书》。也就是说，除了上述提到的乳品、肉类产品、水产品要出具入境货物检验检疫证明，其他类别的进口食品可出具两者之一
扩展资料：
《出入境检验检疫机构实施检验检疫的进出境商品目录(2009年)》 根据《中华人民共和国进出口商品检验法》及其实施条例的有关规定，国家质量监督检验检疫总局、海关总署经研究，决定联合对《出入境检验检疫机构实施检验检疫的进出境商品目录(2009年)》(以下简称：《法检目录》)进行相关调整。
现公告如下：
一、将部分初级纺织品、矿产品、石材、工业原料、皮革制品、五金工具、小家电产品、部分石材等商品(共计647个10位海关商品编码，附件1) 调出《法检目录》，不再实施出入境检验检疫监管。
二、将部分烟草代用品、可用于食品添加剂的化工产品、日常生活用品、婴幼儿及儿童服装、衬衣睡衣泳衣、家用电器、卫生器具等商品(共计357个10位海关商品编码，附件2)新增纳入《法检目录》或增补进(出)境检验检疫监管。
三、结合2009年《进出口商品名称及编码协调制度》调整情况，国家质检总局、海关总署对《法检目录》进行了对应调整。
四、列入检验检疫《法检目录》的进出境商品，必须经出入境检验检疫机构实施检验检疫和监管，进出口经营者持出入境检验检疫机构签发的《入境货物通关单》或《出境货物通关单》向海关办理进出口手续。
检验检疫证单格式，监管类证单没有代号，只有具体的名称。根据检验检疫监管工作的需要，可分为动植物检疫审批类证单（4种）、卫生检疫类证单（8种）、口岸卫生监督类证单（6种）、食品化妆品监管类证单（7种）和检验监管类证单（8种）
参考资料来源：百度百科-出入境检验检疫
百度百科-检疫证
可以按《进出口食品安全管理办法》（总局令第144号）“第二章程食品进口”要求做。该办法2012年3月1日实行。
具体要求包括：
1、向中国输入食品的国外企业应在国家质检总局注册（可向当地检验检疫机构索取表格）；
2、报检时应出示该进口食品在国外（地区）准许生产销售的证明；
3、第一次进口进口预包装食品的应出示中文标签样张，包括：
原预包装平面扫描件（A4纸上）。
原包装所有外文的翻译件，必须加盖公章。
加贴或印刷了中文标签的扫描件，中文标签必须符合中国有关标准的规定。
4、某些进口食品品种（如乳制品）应按我国的要求出示出口国官方固定格式的《卫生证书》具体格式可在国家质检总局网上查询；
5、首次进口尚无食品安全国家标准的食品，进口商应当向检验检疫机构提交国务院卫生行政部门出具的许可证明文件，检验检疫机构会按照国务院卫生行政部门的要求进行检验。
6、进口食品经营单位应该在所在地的检验检疫机构备案（具体与所在地检验检疫机构联系）；
进口食品经营单位应建立销售记录制度；
7、值得提醒的一个问题是：进口食品在取得检验检疫机构签发的《卫生证书》之前，应当存放在检验检疫机构指定或者认可的监管场所，任何单位和个人不得动用，销售和使用都是违法的；
8、进口食品应当随附的其他证书或者证明文件。
国内流通领域对进口食品检查时重点是检查是否有检验检疫机构签发的《卫生证书》，还有就是中文标签信息加上实物检查。
出入境检验检疫证书（检验证书、检疫证书、重量数量证书、卫生证书、健康证书、熏蒸证书、产地证书、入境货物检验检疫证明等）不仅在通关放行、议付结汇、卫生质量证明、关税减免、市场准人、仲裁索赔等方面发挥着重要的凭证作用，而且还关系到我国工、农、林、牧、渔等生产安全、人民身体健康、社会和谐稳定以及进出口企业利益能否得到有效的保障和维护。如果单问卫生证书的作用，那么主要就是作为通关放行、议付结汇、卫生质量证明、目标市场准人等有效凭证。
单证却是有所不同，因为其代表的性质也不同。
进口食品单证，一般情况下：有效的提单要合同、发票invoice、装箱单、产地证和卫生证书（海外卖方发货人提供）、换单委托书、报检委托书、报关委托书 。
进口食品种类不同，所需要的单证也有所差异，根据食品种类查询HS海关编码方可知道其详细。
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