因为侯君集后来和太子李承乾一起谋反，再加上他灭的国家也是小国，并非大功劳，所以没进凌烟阁。而且，侯君集灭完高昌国之后就开始居功自傲。
其一、灭国有功也有过。
贞观十三年，高昌国吃错药了开始针对大唐，并且扣押往来的商贩。李世民开始也是派使臣交涉一下，这高昌国并不理睬。于是李世民就派侯君集出兵高昌国，侯君集三下五除二就把高昌国给灭了。灭国有功不假，可是接下来侯君集做的事情触犯了李世民的龙须。
侯君集灭高昌后，在未奏请李世民的情况将一些没有罪的人发配，又私自将高昌国宝物据为己有。手下将士们知道后也开始**金银珠宝，侯君集害怕自己做的丑事被揭发，于是不敢治将士们的罪。班师回朝后司法官将侯君集下狱，后因有功再加上中书郎岑文本求情，李世民还时没处罚他。不过侯君集一直认为自己有功没错，常常抱怨不公。
其二、叛乱被杀。
贞观十七年（643年），太子李承乾担心自己被废，得知侯君集常有怨恨，而侯君集的女婿贺兰楚石又在东宫任职，于是多次派他引侯君集入东宫。侯君集觉得李承乾无能，想利用他，于是劝李承乾谋反。事情的结局众所周知，太子李承乾被废庶人，其余人等皆被诛。
在古代谋反是必定被杀的，侯君集纵使有天大的功劳也不能活命。命都活不了更别想进入凌烟阁了！
此时高昌国王麹文泰的使臣，正在伊吾国，这一天正要回国，恰巧遇见玄奘，回去便告诉国王，说有一位中国高僧，名叫玄奘，往西天取经，路过伊吾，将到本国。这高昌国王麹文泰，先世麹嘉，本是中国河西金城榆中人，在后魏末年，立国高昌，建都在交河城(现在新疆吐鲁番西二十里雅尔湖滨)，到此已历数世。这一个国家，受汉族文化影响很深，官方所用的文字，完全同中国一样，民间也读《毛诗》、《孝经》。男子虽穿胡服，妇女仍着汉装。全国上下，信奉佛教，是西域道上一个大国。国王麹文泰，依附西突厥，虽有时也到中国去访问，但是采取敷衍政策。
这时听见玄奘将到，一方面知道他是一位名僧，十分高兴；一方面有心将他留下，不放他西行。遂马上派遣使者，连夜赶到伊吾国，通知国王，请玄奘前来；另外挑选了上等马几十匹，叫大臣亲自前往迎接。
过了几天，高昌国王使者带了马匹到了伊吾，殷勤拜请。玄奘本意径从伊吾国出发，直奔西突厥王廷，取得突厥可汗护照，再往印度，因高昌国王意思殷勤，无法推辞，遂启程出发，渡过南碛沙漠，走了六天，才到高昌国界。一行人马进得白力城(现在新疆广安)。
这时，太阳已经下山，玄奘见天色已晚，便要住下，城官和从人请道：“敝国国王专诚等待，国都离此不远，请法师换了坐骑兼程前进。”玄奘遂把自己骑的一匹赤马留下，另换一匹好马，兼程前进。夜半，到了王城；城门官启奏国王，国王下令大开城门，请法师进城。
高昌国王带了大群侍从，亲自出宫迎接。玄奘举目看时，但见无数宫灯，前后列成两条长炬，灯烛辉煌，侍卫严密。灯光之下，正中簇拥着一位国王，五绺长须，年纪有五十上下，是一个饱经世故富有权术的政治人物。相见罢，把玄奘请入后殿，坐在重阁宝帐之中，拜问说道：“弟子自从听见老师法名，高兴的废寝忘食。
日间计算途程，知老师今夜必到，所以我和妻子都没有睡，诵经念佛，专诚在这里等候。”玄奘称谢。过了一会，但闻环佩叮，王妃同着几十个宫女，都来礼拜。这样闹了一夜，天色已经破晓。国王见玄奘鞍马劳顿，因连夜赶路，缺少睡眠，不住地打呵欠，方才辞别回宫，留着几个小黄门，服侍玄奘睡下。
第二天一早，玄奘尚未起床，国王已带了王妃以下一群人，前来请安。玄奘起身相见，国王说道：“弟子心里想着沙漠遥阻，碛路艰难，而老师单身匹马，竟能独往独来，真是奇迹!”说着，流泪称赞。一会又供上斋来，请玄奘早餐。玄奘看见斋供丰盛，心中甚是过意不去。斋罢，国王亲自起身带路，请玄奘进入王宫边上一座道场，就在这里安置，并派人服侍。高昌国有一位彖法师，曾留学长安，善知法相，国王请他前来与玄奘相见；又有一位“国统王法师”，年纪已在八十以上，也请来和玄奘作陪，并叫他劝玄奘就在此地住下，不必再往西天取经，玄奘不许。
过了十几天，玄奘便要辞行。国王道：“已叫国师请问老师意见，不知意下如何”玄奘道：“蒙大王留住，实在十分感激；但与贫僧西来本意不合，所以不能遵命，还请原谅。”国王道：“弟子和国师曾游大国，也曾跟着隋朝皇帝，到过东西二京，走遍了河南、河北、山西一带，会见了不少名僧，并不见得有什么了不起。
自从得见老师，身心欢喜，禁不住手舞足蹈，满心想望老师安心住下，受弟子一辈子供养；更叫一国百姓，都来做老师弟子，听老师讲经传道。这里僧徒虽少，也有几千人，都叫他们执经听讲。还望察纳微心，不必再上西天取经去了。”玄奘听说谢道：“蒙大王这样厚意，贫僧实不敢当；但贫僧此行，不是为供养而来。平时常感觉本国法义未周，经典残阙，心中早有怀疑，不能解决，所以发愿到西天取经，使东土众生，得听大乘正法。
这一点道心，只可一天比一天坚强，岂可半途而废愿大王三思，不再苦留贫僧为幸。”国王道：“弟子仰慕老师，无论如何，一定要留老师供养，葱山可转，此志难移。请相信弟子是一番愚诚，不要疑我不实。”玄奘道：“大王一番深心厚意，贫僧早已知道。但是玄奘西来，目的在于取经；现在经还未得，岂可中道而废希望大王原谅。况且大王积德修福，位为人主，不但苍生仰恃，而且佛教依凭，理当助扬善举，岂宜加以阻碍”国王道：“并不是弟子敢阻碍老师；只因为敝国没有导师，所以要屈留老师，以引导众生。”国王再三苦留，玄奘只是不肯；国王最后作色大声说道：“弟子一切已经安排好，老师岂能要去就去我一定要相留，再不然就送老师回国，请再自己好好考虑一下，还是相顺为妙。”玄奘说道：“贫僧所以来此，是为了求法，现在大王一定要相留，留得下的是我的身体，却留不下我的心……”说到这里，声音颤动起来，表现的意志十分坚决。国王还是不听，只令更增加供养，每天进斋的时候，国王亲自捧盘，殷勤劝食。
隔了一天，国王大开道场，在空旷地方，张起一顶大帐，可坐三百多人，恭请玄奘讲经。自王太妃以下，国王和将相大臣等，都亲自前来听讲。每一次开讲以前，国王亲捧香炉，自来迎接引路；玄奘将升法座时，王又低身跪下以身作磴，请法师蹑足而上。
这样一连十几天，天天都是如此。讲经罢，又为法师剃度了四个和尚，叫他们一路同行，作为随伴。同时又制袈裟三十套，因为西方寒冷，又造面衣、手套、靴等，并送黄金一百两，银钱三万，绫罗绢缎等五百匹，足够法师路上来回二十年之用。另给马三十匹，挑夫二十五人，并遣殿中侍御史欢信护送玄奘到突厥叶护可汗王廷。
又写信二十四封，给屈支等二十四国，每一封信，都附大绫一匹，作为信物。此外更拿绫绢五百匹，果味两车，献给叶护可汗，并附国书道：“玄奘法师系臣之弟，今欲往婆罗门国(指印度)求法，路过西方各国。愿可汗怜师如怜臣，仍请敕以西诸国，给邬落马(“邬落马”即古突厥语“驿马”(Ulagh)的译音，按即后来“乌拉”制度)递送出境。”
玄奘见国王如此殷勤，而且赠送甚厚，考虑又十分周到，心中感激，十分过意不去，写信道谢，中间有几句道：“决交河之水，比泽非多；举葱岭之山，方恩岂重”说明他心中的感激。国王报道：“法师既与弟子结为兄弟，则国家所有，即与法师共之，何必道谢”
诸事准备就绪，玄奘择日起身，他出发的那一天，国王与僧侣、大臣、百姓等，都出城相送。国王抱着玄奘恸哭，无论僧俗，听了莫不悲伤。国王先叫王妃同百姓回去，自己同几位高僧各骑着马，又送了几十里，方才含泪拜辞回去。看官听说：玄奘来的时候，高昌国王本来不放他西行的，他伟大的人格，感动了高昌国王；而高昌国王的诚意相送，也使玄奘十分感激，早已立下主意，决定回国的时候再来高昌国一行。
原因很简单，虽然候集君身为大唐的名将，曾经也是立过大功，灭了高昌国，但是他曾经和太子李承乾一起密谋造反，要知道造反在古代可是诛九族的大罪，就算候集君有再大的功劳，一旦谋反就什么都不是了，他这种情况自然是进不了凌烟阁的。
在贞观十三年的时候，这个高昌国突然就来针对唐朝了，这就让唐朝来往的商人苦不堪言。当时李世民也想要和平解决的，但是高昌国根本就不搭理李世民，而李世民当时可是一剑杀了自己两个兄弟的人，他也算是暴脾气之人，既然你不想和平解决，那我就用武力来征服你。
于是李世民就让候集君带领士兵前去攻打高昌国。候集君不愧是大唐的名将，对于高昌国是很轻松的就将它剿灭了。但是之后候集君在处理高昌国之时去让李世民感到了不满。
当时，候集君将高昌国剿灭之后，没有经过李世民的同意就将那些无罪之人都发配走了。这还不算完，候集君之后私自占据了高昌国的宝物，他的手下士兵们知道之后，也就学着候集君，然后也在高昌国中大肆的劫掠了一番。事后虽然将候集君抓捕下狱了，但是在他人的求情之下还是将候集君放了出来，从此之后候集君就对李世民感到了不满。
当时李世民的嫡长子李承乾身为太子，但是却对担心自己太子之位感到担心，因为李世民此时最宠的儿子是李泰，他害怕李世民废掉自己这个太子。而此时候集君的女婿就在东宫当官，于是两个人就串通在了一起，于是李承乾和候集君就联合了起来发动了造反，最后造反自然是失败了，候集君也是被诛杀。这样一个造反之人自然不可能进入凌烟阁之中。
车师与高昌是三个不同时代的王国，它们虽都在吐鲁番盆地立国，却并没有继承关系。
车师建国的时间大约在秦末汉初，是由土著的欧罗巴人种民族建立，其都城在今吐鲁番交河故城遗址，公元450年车师被西迁到吐鲁番盆地的北凉（匈奴人建立）余部所灭，王族逃往北魏。
高昌是一个由汉人在西域建立的王国，公元460年，柔然攻灭北凉余部，立汉人阚伯周为高昌王，自此高昌建国，其都城在今吐鲁番高昌故城遗址。公元640年唐灭高昌，在高昌立国的180年中，当地的统治者和主体居民始终都是汉人。唐朝末年漠北回鹘西迁，在吐鲁番一带建立“高昌回鹘王国”，元朝初年朝廷与西北各汗国爆发战争，察合台汗国东侵，1280年占领高昌，高昌回鹘被迫举国迁往内地，“王国”名存实亡，迁往内地的回鹘人最终与中原民族融合。
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