46集
甄嬛痛苦中早产下一女，取名胧月，皇帝获知兴奋不已。甄嬛内心对皇帝绝望，自请离宫到甘露寺修行以保胧月平安。甄嬛拜托敬妃收养女儿胧月，替自己抚养女儿长大成人。甄嬛毅然离宫，眉庄、温实初为其送行。
甄嬛迁居甘露寺，法号莫愁，入寺后备受欺凌；皇后趁机安插陵容、祺嫔（原来的祺贵人）等人好生伺候皇帝，在宫中大肆扩张势力。眉庄为甄嬛的离去伤心不已。温实初因其御医的特殊身份，获准往来宫中及甘露寺两地之间，暗中保护甄嬛。
果郡王获知甄嬛出宫修行，赶来甘露寺探访，为甄嬛带来女儿胧月的画像，安慰甄嬛思女之情。甄嬛感激。
第43集
除掉华妃之后，陵容向皇后说起皇帝称甄嬛为“莞莞”一事，皇后感到甄嬛带来的威胁，心生妒意。皇后唆使祺贵人让其父瓜尔佳鄂敏在前朝挑拨皇帝与甄父甄远道之间的关系。皇帝本性多疑，在皇后的唆使下，察觉到甄嬛爱读政要史书，内心不悦，有意疏远。册封礼前，甄嬛发现礼服不妥，便草率地穿着内务府送来的替代礼服前往受礼现场。皇后当场指认甄嬛身上的衣服系已故纯元皇后的旧衣，皇帝更是错认甄嬛为纯元；皇帝被揭破秘密，尴尬恼怒，指责甄嬛冒犯纯元皇后，将其囚禁于碎玉轩，非召不得出。甄嬛始知自己原来一直都是纯元皇后的替身，彻底心碎。眉庄冒死奔走于皇后与太后宫中为其求情，但两宫都不愿意出面干预此事。
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