它们均是公文主体部分的格式项目，但各自的含义和用途不同。
附件是公文主体不可分割的一部分，附注是对公文的说明和解释。
附件在正文之后，成文日期之前，空两格标“附件”+冒号+附件名称(如果附件有多个，在附件名称前加阿拉伯数字序号）
“附件说明”指的是公文附件的顺序号和名称，是附件这一公文格式项目要素的标识问题。附注放在成文日期之后，一般加括号，如请示中，（联系人、联系电话等），（此件发至级）等等。
一、将“附件”与“附件说明”和“附注”混淆
这3个要素均是公文主体部分的格式项目，但各自的含义和用途有所不同。按照《党政机关公文格式》（GB/T9704—2012）的规定，“附件说明”指的是公文如有附件，要在正文下一行左空2字处标识“附件”，后标全角冒号和名称，附件后不加标点符号。附件如有多份，要有序号，使用阿拉伯数码。总之“附件说明”指的是附件这一公文格式项目要素的标识问题。“附件”则是指公文主件所应附的公文附件，即实质上的附件。
公文的附件是正文内容的组成部分，与公文正文具有同等效力。“附注”则一般是指对公文的阅读传达范围，使用时需要注意的事项加以说明的文字，例如“此件发至县团级”“此件可见报”“此件可登党刊等，它通常标识于成文日期的左下方。附注不是对公文的内容作出解释和注释，对公文的注释或解释一般在公文正文中采取句内括号或句外括号的方法加以解决，为此，使用附注时要加以注意。
二、附件位置及装订方式不正确
附件主要包括与公文正文内容相关的文字材料、数据、名单、图表、图形等，这些内容如果穿插在公文正文中，往往容易隔断公文前后意思的联系而造成阅读上的不便，在这种情况下需要将其从公文正文中抽出来而作为公文的附件单独表述，既可以补充完善正文，又可使正文的内容简洁连贯。那么，附件应当处在公文的什么位置呢？
根据《格式》国家标准的规定，附件应当置于正文之后，版记之前，并与主件一起装订。而且公文的附件需要另面编排，也就是说无论前一面留有多少空白，都需要另起一面。实践中不少机关把公文的版记置于公文主件之后，附件之前，形成主附分离，这是不正确的。也就是说，无论附件的页数有多少，都一定要置于版记的前面，并且无极特殊情况要与主件一起装订。这是在际操作中容易忽视的一点。如果在版记之后编排装订附件，由于版记是公文结束的标志，附件就不能视为公文的组成部分了。
三、附件的标识方法不合规范
按照规定，附件都要另起一面单独编排，具体的编排方法是首先要在版心左上角第一行顶格编排“附件”二字，使用3号黑体字，如果有多个附件，后面必须紧跟附件顺序号，顺序号后无需加冒号。附件标题编排在首页第三行居中位置，附件序号和附件标题必须与附件说明中的内容完全一致。附件标题以及附件中行、字、段落等的编排与主体部分相应格式要素的要求完全一致。
四、附件序号标点符号及页码标识不合规范
按照规定，公文如有附件，一定要在“附件说明”处标注公文附件的顺序号和名称。其位置在正文下空一行左空二字编排“附件”二字，后标全角冒号和附件名称。如有多个附件，使用阿拉伯数字标注附件顺序号（如“附件：1 ×××××” ）；附件名称后不加标点符号。附件名称较长需要回行时，应当与上一行附件名称的首字对齐。
实践中，有些公文却没有按照规定去做，比如将附件名称加上书名号，是毫无必要的；或者在附件名称后加冒号抑或句号；或者多个附件的顺序号使用汉字数字；所标示附件名称和实际附件的名称不完全一致；“附件”二字后边的冒号和序号位置颠倒。如“附件：1 ×××××” ，却被标注为“附件1×××××”或“附件一：×××××”,或者”附件1：×××××。”以及“附件：《×××××》”等的标注都是不规范的。还有就是当附件名称过长需要回行时，要注意应当与上一行附件名称的首字对齐。但有些公文却不是如此：
一般请示类公文需要有附注，附注的内容填写联系人及联系电话等，以便批复机关及时联系。还有一些要求对公文的印制范围进行规定的公文，就在附注里面注明，比如只发到县团级，就在附注写（此件发至县团级），如果公开发布就可以在附注写（此件公开发布），等等。
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