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001 云霄飞车杀人事件 (黑衣组织—琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开) 002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南） 005 新干线大爆破事件（漫画中柯南首次得知琴酒与伏特加的代号，但这集在动画中被修改了，Gin和伏特加被改成了两个长相相似的人） 013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美出场。本集在动画中被修改过，内容与漫画有着很大不同） 043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小) 048~049外交官杀人事件(服部平次登场，工藤新一第一次恢复) 054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死) 057~058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份) 128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑暗组织浮出水面） 129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场） 131 竞技场无差别胁迫事件(后篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系) 176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场) 177 与黑暗组织的再会（柯南篇） （宫野志保第一次恢复） 178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场） 188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团 189 危命的复活_负伤的名侦探 190 危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复） 191 危命的复活_黑衣骑士 192 危命的复活_新一回来了 193 危命的复活_约定的场所 226 格斗游戏的陷阱（上集） （茱蒂出场） 227 格斗游戏的陷阱（下集） 230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂） 231 谜一样的乘客（下集） 242元太的灾难（提到GIN是左撇子) 258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布兰克出场） 259 来自芝加哥的男子（下集） 269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南） 270 犯罪的遗物 （下集） 271 急忙掩饰的忽略（上集） （灰原被怀疑，形势危急） 272 急忙掩饰的忽略（下集） 277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德） 278 英语教师VS西部名侦探（下集） 279 迷宫的阴暗（上集）（发现克里斯就是美国已故大明星莎隆宾亚德的女儿。） 280 迷宫的阴暗（下集） 286 工藤新一纽约事件（事件篇） 287 工藤新一纽约事件（推理篇） 288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪） 307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴） 308 无声的证据（后篇）（下一集的引子） 309 与黑暗组织的接触（交涉篇） 310 与黑暗组织的接触（追踪篇） 311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件） 329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。) 330金钱买不到的友情（下集） 335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来） 336 东京现影所的秘密（后篇） 338 四辆保时捷（前篇） 339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系） 340 厕所里隐藏的秘密（前篇） 341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈留下的录音留言） 343 便利店的陷阱（前篇） 344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑） 345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光。卡尔瓦多斯出场，被赤井打断腿后自杀，第一次对决暂告段落） 346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后） 347 寻找P股上的印记（后篇） 361 帝丹高中的学校怪谈（前篇） 362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）（真正的新出医生回归） 374 星星和香烟的暗号（前篇）（开头柯南想起沉默的航线中凶手在警局本想要给鸟取县的朋友打电话，但最终没有打，怀疑是否和组织有关） 375 星星和香烟的暗号（后篇）（结尾处柯南听到山村警官给鸟取县的奶奶拨号的按键声很震惊，其实是和贝尔摩德输boss手机号码时的按键声很相似，推测boss在鸟取县） 385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲) 386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲) 387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向） 425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起） 429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场） 430 无法回到从前的两人(后篇) 462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意） 463 黑暗组织的影子 奇妙的照明 464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬 465 黑暗组织的影子 珍珠的流星 484 黑色照片的去向（前篇） 485 黑色照片的去向（后篇） 491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看） 492 红与黑的碰撞 血缘 493 红与黑的碰撞 绝叫 494 红与黑的碰撞 冥土 495 红与黑的碰撞 昏睡 496 红与黑的碰撞 侵入 497 红与黑的碰撞 觉醒 498 红与黑的碰撞 搅乱 499 红与黑的碰撞 伪装 500 红与黑的碰撞 遗言 501 红与黑的碰撞 嫌疑 502 红与黑的碰撞 洁白 503 红与黑的碰撞 决死 504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑） 507 卡拉OK包房的死角（前篇) 508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一） 509 红白**与侦探团（水无怜奈传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查sherry。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样） 510 柯南VS W暗号之谜 511 推理对决！新一VS冲矢昴 542 让鱼儿消失的一角岩(前篇) 543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原） 563 侦探团VS强盗团(骚乱)（疑似赤井秀一的人登场) 564 侦探团VS强盗团(沉默) 578 召唤危机的红色预兆 579 黑与13的暗示 580 紧迫黑色的时限（水无怜奈被gin怀疑没有杀掉赤井秀一，准备杀掉水无，并对赤井秀一进行狙击。但事实上是波本假扮的赤井秀一，从贝尔摩得口中得知boss的命令后，波本与gin两人发生分歧）
剧场版是M5 和M13
ova没有主线
黑衣组织的出场集数如下：
1、《名侦探柯南》第783集——《绯色的真相》
2、《名侦探柯南》第782 集——《绯色的回归》
3、《名侦探柯南》第781集——《绯色的交错》
4、《名侦探柯南》第780集——《绯色的追寻》
5、《名侦探柯南》第779集——《绯色的序章》
6、《名侦探柯南》第706集——《解谜的波本》
7、《名侦探柯南》第705集——《密室中的柯南》
8、《名侦探柯南》第704集——《漆黑的特快列车》
9、《名侦探柯南》第699集——《逼近灰原秘密的黑影》
10、《名侦探柯南》第671集——《侦探们的夜想曲》
11、《名侦探柯南》第667集——《婚礼前夜》
12、《名侦探柯南》第500集——《红与黑的碰撞 遗言》
13、《名侦探柯南》第499集——《红与黑的碰撞 伪装》
14、《名侦探柯南》第462集——《黑衣组织的影子 年幼的目击者》
15、《名侦探柯南》第340集——《厕所里隐藏的秘密》
16、《名侦探柯南》第309集——《与黑衣组织的接触》
登场成员:
除Boss外，黑衣组织在《名侦探柯南》漫画原作剧情中，共有20名出现姓名或代号的组织正式成员登场，另有存疑人物1名（即吞口重彦）；剧场版、漫画特别篇等其他作品中有11名组织成员登场。
首脑是乌丸莲耶。
黑衣组织的首领，”那位先生”是组织成员对黑衣组织首领的称呼，也称“Boss”。没有任何代号，其他成员的酒类代号就是他所命名，“宠爱的女人”是贝尔摩得。其邮箱地址的按键音旋律为《七个孩子》。
黑衣组织一直是名侦探柯南中的一条主线，其主要人物有：Gin、Sherry（灰原哀）、Vermouth（贝尔莫德，克里斯·温亚德）、Vodka、Kill(CIA在组织中的卧底/水无怜奈)、Chianti、Korn、Calvados、Bourbon等等。有几次，GIN提到了一个词：“那位先生”。毋庸置疑的，那就是组织的头目。那会是谁那？
以下摘自百度百科之黑衣组织：
对黑组织首领身份的猜测，一直集中在旧剧情人物和未出现新人物两点上。一份据说是2006年青山刚昌访谈的文章使第一种观点获得了较多支持。目前，就第一种观点，人们普遍认为黑组织首领会出自以下几个人物：
黑羽快斗
柯南里绝对聪明的人有哪些？
工藤优作、本堂瑛佑（大智若愚）、黑羽盗一（失踪）、黑羽快斗、赤井秀一（生死不明）、灰原哀、妃英理（勉强够格）、琴、贝尔摩德
这些人里谁绝对不可能？
本堂的父亲被组织杀害，且极不熟知内情，否则不会冒冒失失的跑到医院去找他姐姐，所以本堂被排除。
快斗只是一个高中少年，似乎心理也不阴暗，成立不了那样一个恶贯满盈的组织，排除。
赤井目前生死不明，而生前一直是组织的大敌，组织杀害了他深爱的女友，故排除。
灰原千方百计脱离了杀害她姐姐的组织，还被迫变成小孩子，所以一样排除。
妃英理虽说很聪明，但基本上是被小五郎这个白痴衬出来的，且女人宠爱女人基本上不可能，PASS。
琴和贝尔摩德都是成员，BOSS应该不会自己出马执行任务，贝尔摩德更是将兰视作自己的天使，并存在着叛变组织的倾向，把柯南看作银色子弹，所以不可能。
那么还剩下谁？
优作和盗一。
下面分别建立他们和贝尔摩德的联系：
————优作是有希子的丈夫，有希子贝尔摩德同门学艺，优作和贝尔摩德熟识也是有可能的。
————在工藤新一NY事件中，我们得知有希子和贝尔摩德是在一个著名日本魔术师手下成为同门师姐妹，这个魔术师教会了她们化妆术，并多交了贝尔摩德一项技艺：变声。所以当沙朗（即贝）成功地化妆为警长替有希子解了围。
这样一个会变声的魔术师是谁？难道不是黑羽盗一吗？
这样一想，黑羽盗一便存在着许多嫌疑。
他是宠爱贝尔摩德的，否则不会只教给她变声术，却不教给有希子。
七个孩子的信息指明了乌鸦，乌鸦的羽毛是黑色的，自然是黑羽。
从“工藤新一小时候的冒险”中，我们发现黑羽似乎是一个很冷冽的人，鬼鬼祟祟潜入图书馆，给新一下战书，并用匕首把战书钉在墙上，不能不说这是一种诡异。
盗一一开始就很少正面出现，73也未明确盗一已死，只是失踪，另一部漫画《魔术快斗》里，说快斗的父亲是因为一个黑衣组织才销声匿迹，可能是他通过这个组织把自己隐藏起来，只是失踪了一样。
阿笠博士(可排除此类情况,祥见下文)
这是最常见的一个怀疑。人们普遍认为，一个一直"没发明什么有用东西"（工藤新一语）的博士，如何会拥有其实并不少的资产？另外阿笠博士在剧集中也做出了很多很有用的东西，为什么会一直默默无闻？有人认为阿笠博士的身份很值得怀疑，加上柯南和灰原哀出现的巧合，让人怀疑阿笠博士很可能就是"那位先生"。但在M10(<<侦探的镇魂歌>>)当中,博士在ID炸弹即将爆炸时的一句话,证明了他并非组织首脑
毛利小五郎(可排除此类情况,祥见下文)
也有人相信毛利小五郎才是黑组织的首领。一个很好笑的理由是组织的成员代号都是酒名，而毛利大叔很喜欢喝酒……此外毛利大叔有时忽然爆发的推理能力也使人生疑，觉得他一直在装糊涂或者是大智若愚。
其实毛利大叔的嫌疑是最小的。在TV425中，琴酒曾下令枪杀毛利小五郎。见过"那位先生"本人的琴酒，恐怕不会下令杀死组织的首领吧……
工藤优作
新一的父亲也是怀疑对象。他具有超过柯南的推理能力，还有在美国的神秘生活。组织磁盘中存有以他作品主人公命名的"暗夜男爵"病毒，还有他的妻子有希子是组织成员苦艾酒的好友。种种迹象表明，工藤优作和组织似乎也有一些瓜葛。另外柯南每每能够在与组织对抗的绝境中不可思议的逃生，是不是因为组织成员得到优作的授意不得伤害柯南呢？那也不怎么可能,如果真是这样,为什么琴又要灌他毒药呢
詹姆士探员
作为赤井秀一和朱蒂的上司，FBI探员詹姆士也有些奇怪的地方。例如在他初登场时，柯南注意到他的名字和莫里亚蒂教授同名而且生于伦敦，同时又来自曾经黑帮横行的芝加哥，而姓氏恰恰是英语的单词"黑"（全名James Black 詹姆士布莱克）。之后詹姆士也有一些奇怪的行为，使人产生一些联想。
本人认为黑羽盗一的嫌疑最大。因为的确如上文所言，他只把变声术交给了克丽丝温雅德而没交给同时向他求教的工藤有希子，是一个疑点。另外，我还发现在《银翼的魔术师》中基德也曾用变声术使柯南分心,又与本人观点不谋而合。但是“那位先生”究竟是不是黑羽盗一，最后还是看73大叔的。
1、琴酒：是黑衣组织重要成员，经常和伏特加一起出现。是最早登场也是最重要的组织成员之一。银色长发，冷酷残忍，头脑冷静，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。经常执行各种暗杀和清除组织内奸的任务，自称从不去记杀掉的人的姓名和长相。
2、伏特加：是黑衣组织重要成员，琴酒的搭档，最早登场的组织成员之一。总是带着墨镜。但头脑简单，做事不细密，完全服从琴酒且一起行动，尊称琴酒为大哥。
3、贝尔摩得：是黑衣组织重要成员，真实身份为美国大明星莎朗温亚德，因某种原因恢复年轻或停止衰老，而后对外宣称为莎朗的女儿，精通易容与变声。负责收集重要情报，是秘密主义者。
4、雪莉：黑衣组织重要成员。本名宫野志保。组织中的科学家，被组织囚禁时自尽，待身体恢复幼年并逃出组织。化名灰原哀，阿笠博士将之收留。
5、龙舌兰：黑衣组织成员，在一次和满天堂公司职员交易时因拿错箱子而被误炸而死，曾与电脑工程师板仓卓接触过。
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