A、生物进化的实质是种群基因频率的改变，A正确；
B、生物进化的原材料来源于基因突变、染色体变异和基因重组，B错误；
C、生殖隔离是新物种形成的标志，C正确；
D、自然选择使种群的基因频率定向改变并决定生物进化的方向，D错误．
故选：AC．
遗传的变异为生物进化提供素材。遗传的变异主要是基因突变和基因重组。基因突变是指基因结构的改变，包括DNA碱基对的增添、缺失或改变。基因重组是指控制不同性状的基因的重新组合。它们都可以发生在生殖细胞形成过程中，可以遗传给后代，导致后代发生变异。实际上任何种群基因的组成总是要发生改变的。种群基因频率的改变为自然选择提供了大量产生变异的个体，即提供了选择的原材料。有变异才会有选择，有选择才会产生新种，有新种才可能有进化。
在生物进化论里，突变和基因重组产生生物进化的原材料，这里面的突变是专有名词，它包括基因突变和染色体变异。它们都属于可遗传的变异的范畴，会引起基因频率的改变。所以，可以认为突变都是生物进化的原材料。
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