臭豆腐按照工艺可以分为发酵和非发酵两种。市场上卖的青方腐乳便属于发酵臭豆腐，是在豆腐的基础上发酵而来，而街头上卖的油炸臭豆腐则属于非发酵臭豆腐。发酵臭豆腐的臭味来源于微生物（常采用霉菌或乳酸菌）发酵蛋白质，产生的硫化物（例如二甲基二硫、二甲基三硫、二甲基四硫）、吲哚和部分具有臭味的氨基酸（例如丙氨酸）。非发酵臭豆腐的臭味来源于臭卤水。
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