去除藻类通常很简单。一种是人工清理，比如用工具铲下藻类。另一种是用除藻剂，价格便宜，但要稀释，不要用太多。
还有的采用生物去除法，即饲养苹果螺、戴笠螺、拾荒者、琵琶鼠来控制藻类。
然而，使用杀藻剂和其他药物可能会有一些副作用。加入化学物质会破坏原有的生态环境，不仅影响藻类，还会影响其他生物或微生物。最安全有效的方法就是生物清除。用除藻动物除藻的方法，无副作用，除藻彻底。
