金针菇有白色和黄色两个品种，分为冷藏和自然栽培。黄色优质金针菇的颜色应为浅黄至黄褐色，菌盖中心略深于边缘，菌柄上浅下深；优质金针菇的白色品种应为白色或乳白色。
黄色金针菇和白色金针菇的品种和颜色不同。
黄盖黄色至淡黄色，帽大，一般1至2厘米，柄褐色或深褐色，粗壮。这些品种的子实体数量相对较少，但均匀整齐，产量高，抗逆性强。白色金针菇，俗称白金针菇，色泽纯白，适合鲜食，营养价值高，价格高。
银耳盖白色，柄薄而有弹性，柄小至中等，基部常蓬松，柄长，子实体数量多，开伞困难。这些品种几乎都是从日本引进的，大部分白色品种的产量相对较低，比黄色品种和浅色品种低20%左右。白色种由黄色或浅色种突变而成，在长期营养生长中突变频率高，突变快。所以退化发生的速度比前两种快，这也是很多菇农用来源不明的白种低产的重要原因。
