边防派出所与普通派出所的区别在于管理模式、编制、任务不同。
管理模式不同，即边防派出所由县级边防管理大队管理，普通派出所由派出机构即公安局管理。边防派出所的职能以出入境管理、口岸证件查验和边民往来管理为重点，同时兼顾沿边沿海地区的治安管控任务，严厉打击各类违法犯罪活动。普通派出所的职能比较复杂，户籍管理、治安管理、辖区治安防范、治安纠纷调解、为群众提供服务等等。
建制不同。派出所是地方编制，边防派出所是武警编制。不同的任务。普通派出所的主要任务是维护社会治安，进行社会治安综合治理。边防派出所的主要任务是打击走私和非法移民，维护边境安全和国家利益。不同的资金来源。只要派出所的经费来源是地方政府拨款，边防派出所的经费来源就是国家军费。
