厦门从初夏到六月底都是雨季。厦门属亚热带海洋性季风气候，温和多雨，年平均气温21℃左右，冬无严寒，夏无酷暑。年平均降雨量约为1200毫米，每年5月至8月降雨量最高。风力一般为3至4级，以东北风为主。
厦门的地形以沿海平原、阶地和丘陵为主。厦门地势由西北向东南倾斜，地形类型多样，有中山、低山、高丘、低丘、阶地、平原、海滩等。西北部多中低山，其中位于同安、安溪交界处的云顶山海拔1175.2米，为市内最高峰。自西北向东南依次为高丘、低丘、阶地、海洋平原、滩涂，南部为厦门岛、鼓浪屿。云顶山是厦门的最高峰，云顶岩是厦门岛的最高峰，日光岩是鼓浪屿的最高峰。
厦门海域包括厦门港、外港区、马銮湾、同安湾、九龙江口区和东水道。厦门港外有大金门、小金门、大担、肖丹等岛屿，有厦门岛、鼓浪屿等岛屿屏障。是天然避风港湾，海岸线蜿蜒曲折234公里，其中12米以上深水岸线43公里，适宜建港的深水岸线27公里。
