1.科和属之间的差异
河豚又称淡水豚，主要有亚马逊河豚、白鳍豚、恒常河豚、普拉塔河豚等。主要生活在淡水河流环境，外形与海豚科相似。海河豚属于30多种海洋哺乳动物的总称，主要栖息在海洋中，有的可以暂时生活在淡水中。
2.形态学差异
河豚比海豚大，可以长到3米长。与海豚不同，它的头部可以旋转90度，这使得它在复杂的河流中占据主导地位。有时会像海豚一样，集体追逐鱼群，提高捕食效率。
3.起源差异
有四种现存的河豚栖息在淡水河流和河口，其中三种生活在淡水河流中，而另一种，普拉塔河豚，生活在咸水河口和沿海海域。但在科学分类上仍被归为淡水鼠海豚而非海豚科。中国的河豚鱼资源丰富。中国沿海有54种，几乎一年四季都可以捕捞。在长江和珠江，春夏季之间有一个汛期，是沿海和河流中下游的主要捕捞对象之一。
4.毒性差异
海河豚分布在沿海地区和入海河流中，某些种类的器官和血液都有剧毒。河豚是包括白鳍豚在内的淡水豚类哺乳动物家族的总称，主要生活在河流中，内脏无毒。
