微生物的生殖系统可分为两种:有性生殖和无性生殖。
很多低等生物，包括大部分的病菌和原生动物，都是按照无性繁殖来繁殖的，比如变形虫和涡虫。这种小动物可以按照一分为二的方法发育生殖系统，后代的遗传信息和等位基因完全一致。
大部分高等微生物，按照有性繁殖，繁殖。一般来说，这些动物可以分为雄性和雌性。两者都表现出一般的遗传信息，导致后代出现更多的遗传变异。
