从太原10年到谢安死后太原15年，是司马曜和司马道子兄弟合作大于分歧，矛盾逐渐积累的时期。
这期间无论是中央还是地方的人事安排都令人眼花缭乱，每一步都是巩固皇权，平衡司马曜利益的结果。
扬州在谢安死后由司马道子接管；谢安去世前一年，在荆州的桓接替了他的叔叔桓冲。太原十四年，桓死，司马曜任命为荆州刺史。至此，桓家失去了最后一座城镇。谢玄离开太原十二年，徐州由司马道子统领。周宇刺史，至太原十五年由余杰接任；元十五年，桓伊驾崩，江州刺史一职由王羲之(才女谢道韫的丈夫)之子王凝之担任。太原十二年，谢玄去职后，朱序接任兖州刺史，不久王翘司马田接任。三年后，司马田死了，司马曜取了皇后的弟弟王恭为兖州刺史。十年前，孝帝司马曜在襄阳设永州，杨坚之父杨亮为永州刺史。太原十三年四月，朱序任永州、凉州、钟勉总督，永州任洛阳刺史。太原益州刺史，桓温旧官罗有任，太原十五年被权国取代。这期间，童非任宁州刺史，于之子孔王任广州刺史。谢玄死后，谢安的儿子谢衍接任内参一职。太原十六年(公元391年)，谢衍升任尚书右侍郎，太子詹士。
他是这一时期东晋的主要镇官。
在这些城镇中，当然徐州、兖州、豫州、江州、荆州等地的主官变动更为引人注目。
兖州和徐州的北府兵，在谢玄离开后，一分为二。司马道子率领的徐州，司马田率领的兖州，在朱序短暂过渡后进驻京口。无论是中央辅佐司马道子，还是兖州刺史司马田，都是因为淝水之战的胜利，才让北府兵老将军北移到淮河两岸，曲调鞭长莫及。这些北府兵的老将军、老调，团结在龙翔将军刘牢之的周围，与陈钧的谢氏家族勾连在一起。刘牢之在吴巧泽战败后被革职，被任命为龙翔将军，镇守淮阴。之后朝廷让他领兵到彭城、北屯，领彭城太守。
元十五年，司马田死。司马曜帝，萧武帝，任命王恭为都督，燕友周为都督，平北将军，为刺史，假节，镇守京口。王恭在他的对手王晨担任荆州刺史八个月后被任命和解雇。这反映了司马曜与司马道子兄弟矛盾的进一步激化，也是司马曜暗中伐司马道子的措施之一。
司马曜先与王子佐为率领的王亚商议。司马曜说:“我要提拔王恭和殷仲堪。你怎么看？”
、陈石，太常之孙，殷浩之侄，前扬州刺史。殷仲堪和他叔叔殷浩一样健谈。他曾说:“三天不读《道德经》，舌头会觉得僵硬。”被谢玄拜为长史后，被率为金陵总督。殷仲堪的父亲印石患病多年，殷仲堪脱光衣服，亲自钻研医术。我很努力，结果一只眼睛瞎了。印石得了一种怪病。他听到蚂蚁在床下行走，就像一头牛在打架。司马曜听说过，但不知道发生在谁身上。有一次，他问尹中侃，尹中侃流着泪站起来回答:“我左右为难。”司马曜知道真相后非常尴尬。后来，司马曜任命尹仲为黄门侍郎，成为他的心腹。
王亚听了司马曜的问话，答道:“王公气质高贵，严肃正直；钟注重细节，擅长文章。但两人都心胸狭窄，没有太多的治军才能。如果让这两个人做大官，世界上什么都不会发生，他们还是可以的。一旦世界上发生什么事情，它们就会变成诅咒。”司马曜不听。
因为，此时的司马曜需要一个能制约弟弟司马道子的人，而王恭却经常当面痛骂司马道子的不轨行为。怀内条之妻行医求仙。司马道子很喜欢这个女人，经常找裴和他的大臣们谈话。每个人都向她鞠躬，除了王恭，他说:“我从来没有听说过一个女人参加总理举行的会议。”当所有人都感到尴尬和震惊的时候，司马道子羞愧难当。
在司马曜看来，公守京口再合适不过了。
过去，许岩的秘书处经常有一个“北”角，总有不祥之兆。所以，浣熊、王、丢辛等人的故事都没有受到镇北歌曲的影响。王恭对此也很忌讳。上表中，平北将军辞去军号，孝武帝任前将军。再说，荆州刺史王晨。
王臣在当上荆州刺史之前，就已经和王恭交恶。但是，王晨是一个非常有名的人。这样一个文质彬彬的人到了荆州，自信放荡，朝廷官员都怀疑他能否治理好荆州。不过王晨虽然风流，但内心并不迷茫。他很清楚，在荆州他最需要警惕的是盘根错节的桓家在这里。此时桓家的族长是桓温的小儿子桓玄，二十多岁。
当他到达荆州时，王晨的史书记载他是“高尚的和受欢迎的”。尤其对桓玄，王更是压制不住。有一次，桓玄去拜访王晨，值班的人报告失败，桓玄破门而入。王晨勃然大怒。当着桓玄的面，下令鞭打看门人，让桓玄很没面子。一怒之下，他转身就走，王晨却没有留下。还有一次，一个月初，王晨为客人举行了一次礼仪性的招待会。桓玄说他要出城打猎，暂借十万兵。王晨都借给他们了。从此，桓玄对王琛肃然起敬，深信不疑。
王臣任荆州刺史三年三个月，太原十七年十月卒。王晨死后被追授为右将军。随着他的去世，荆州刺史一职立即成为东晋关注的焦点。
可以说，王臣之死给了司马曜夺回荆州的良机，而永州刺史朱序的辞职，则为司马曜掌握大荆州地区铺平了道路。
作为永州刺史，朱序主政襄阳时，多次上表，以年老多病为由辞职。但当时梁武帝还需要他为帝国统率黄河以南的军队，保护边境，所以一直没有批准，甚至颁布了拒绝接受朱序上述说法的诏书。在王晨去世的当月，朱序擅自离开了车站，并恢复了健康。于是，孝武帝很自然地任命了自己的亲信，太子右后卫帅辉太子接替朱序担任永州刺史，镇守襄阳，为下一任荆州刺史做准备。
对于重镇荆州，司马曜认为王恭是荆州刺史最合适的人选。王公以国舅之尊，驻守节上游，司马曜当然可以高枕无忧。司马道子希望他的心腹，王国宝，将服务。
当然，除了分别被两位大师看好的王恭和王国宝，郎的王勋也对荆州刺史一职垂涎三尺。王迅、尹仲堪、徐淼、Xi慧、王功等。，因学识渊博而受到孝武帝的青睐。在孝武帝和司马道子之间，王勋是站在孝武帝一边的。在王勋看来，他有显赫的家世和名望，也是桓家的老官员。由他担任荆州刺史再合适不过，方便安抚称霸荆州的桓家旧部。当时孝武帝一直排斥桓家，但桓家在荆州乃至中央都有很大的影响力。
孝武帝在很长一段时间里，都放不下桓温死前父子俩经历过的担惊受怕的日子。但是，反过来说，如果桓温没有废黜海西公，就不会有今天的简文帝父子和孝武帝，但是如果桓温推翻了帝位，那就等于说他和他父亲的帝位来源是非法的。所以孝武帝虽然对桓家不满，但也不可能完全废黜桓家。所以他采取了表面上实际上压制、忽视桓家的策略。不要公开宣布桓温为义军，但要处处提防桓温。从这两点可以看出，他任命桓温的仇人兄弟为豫州刺史，是为了限制桓家向下游发展，又任命最有效阻碍桓温篡位的王之子为荆州刺史。在这种表面漠视，实际打压的策略下，孝武帝不会任命与桓家有旧谊的王勋为荆州刺史。于是坊间有传言，王恭即将调任荆州刺史。
孝武帝最后把荆州刺史的人选圈定给了名声很浅的阚。与此同时，司马道子不想失去他在荆州的领土。他试图用王国宝取代他的弟弟王晨。孝武帝听说后，没有经过吏部一系列的考核和推荐程序，就直接任命尹仲为谏官。结果当时的局势非常紧张，司马曜和道子的斗争非常激烈。
元十七年(公元392年)十一月，东晋正式任命尹仲为荆、夷、宁三军统帅，大将军，荆州刺史，假节、江陵卫。尹仲堪的侄子陈任，属于桓温镇压的上一代。任用阚不仅反映了孝武帝从司马道子手中夺回荆州的努力，也表明了孝武帝防范荆州桓氏残余势力的意图。
尹仲堪为人正直，生活简朴。他担任荆州刺史时，境内连年水旱。尹钟侃吃饭的时候，菜很少，米粒落在桌子上。我们总是要小心翼翼地把它们捡起来吃掉。
虽然尹仲名声很好，但他喜欢给别人一些小恩小惠，所以在荆州上下级之间没有太多的规则。此外，令孝武帝惊讶的是，与他的前任王晨不同，尹中侃胆小而温和。到了荆州，他对桓玄又敬又怕，主动和他交朋友。
由于殷仲堪儒家思想的软弱和桓玄的强势，荆州官民比殷仲堪更怕桓玄。综合来看，太原十七年是孝武帝司马曜与弟弟司马道子激战并取得胜利的一年。司马曜刚任命尹仲堪，又从郎邪王改中封司马道子为会稽王，封次子司马文德为郎邪王。东晋时期，很多皇帝都是邪王出身，地位几乎等同于皇位继承人。孝武帝把弟弟司马道子的国号改为惠济王，实际上是降职。
在这一点上，在孝武帝看来，襄阳有好处，荆州有殷仲堪，京口有王恭，朝廷中的王勋、王亚、司马道子等中央势力回旋余地不大。
