日本幕府时代的最高统治者其实是以征夷将军为首的幕府，以天皇为首的朝廷只是个摆设。但并不是所有的皇帝(或天皇)都愿意做幕府的傀儡，有些皇帝(或天皇)曾经反抗过幕府。给日本天皇(或天皇)反抗幕府的行为起一个可笑的名字——“皇民起义”。
有意思的是，日本天皇的“皇民叛乱”基本上都发生在镰仓幕府时期，比如成久之乱和袁弘之乱。室町幕府和江户幕府时期，直到江户幕府的暗箭战结束，几乎没有天皇的“谋反”。既然都是日本天皇，为什么室町幕府和江户幕府的日本天皇不“抗逆”？
虽然镰仓幕府、室町幕府、江户幕府在后世一般被归为一类，但这三个幕府与天皇的关系是不同的。镰仓幕府第一代将军远赖朝通过派驻各庄园，分配国家领土，获得了日本的最高统治权力，从而建立了“报恩服事公制”。但元赖朝并没有没收朝廷的属地庄园。
所以在镰仓幕府初期，天皇仍然拥有一定数量的领土，一定程度的实权，甚至一定数量的武装力量。此时的天皇已经不是幕府控制的傀儡，更像是被镰仓幕府镇压的地方割据政权。镰仓幕府内乱后，认为时机已到的后藤若子天皇揭竿而起，拉开了帷幕，被称为“久乱”。
“承袭久乱”是日本历史上第一次天皇“造反”，最后被镰仓幕府迅速平定。平乱后，镰仓幕府流放了包括后藤若子天皇在内的三位天皇，废除了刚刚继位的中宫天皇，杀害了大量参加“成九乱”的公职人员，并没收了他们的领地。但是，镰仓幕府并没有没收朝廷所有的领土(帝国遗址)。
因此，虽然天皇的实力在“长时间的混乱”后已经无法单独与镰仓幕府抗衡，但他仍有起兵造反的能力。镰仓幕府的统治基石，即“赏赐公制”，在抗元战争后逐渐瓦解，越来越多的武士集团对幕府不满。于是围棋大河望趁机发动了日本历史上最不成功也是最成功的一次叛乱——“袁弘之乱”。
“袁弘之乱”将落幕火花传播到了日本各地，导致了全日本的落幕风潮，最终摧毁了镰仓幕府，围棋大河望成为日本幕府时期唯一实际统治全日本的天皇。然而，围棋大河望上台后，推行了损害武士阶层的“剑武新政”，引起了日本全体武士的普遍不满，大批武士聚集在足本的指挥下。
武二年(1335年)，入侵京都的祖尊师迫使围棋大河望退位，立光明帝登基。武三年(1336年)，围棋大河望逃到京都以南的吉野，重新登上皇位。至此，日本历史进入了南北两朝并存的时代。祖尊的名字是光明帝作为征服蛮夷将军的称号，室町幕府在京都建立。
在南北两朝对立的几十年里，室町幕府对南朝进行了军事征服，并重新分配给北朝，极大地削弱了朝廷的实力。明德三年(1392年)，室町幕府控制的北朝吞并了南朝，统一后的北朝天皇“钦定制”在室町幕府的支持下独揽皇位。现任日本天皇德仁也是在“即位制”之后。
北朝是室町幕府建立的，“钦差制度”由室町幕府垄断了天皇的地位。南北朝对峙期间，朝廷实力大大削弱。因此，室町幕府的天皇虽然仍拥有少量领土，保持财政独立，但并没有实力发动“反抗天皇”。直到室町幕府灭亡，天皇也没有“反抗叛乱”。
室町幕府后期爆发“仁义之乱”，日本进入战国时期。然而，皇帝仅有的一小块领土在战国时期被武士抢夺，大量皇帝逃到京都外乞讨食物。留在京都的皇帝和大臣们吃了最后一顿饭，而宫中的女官们甚至不得不以卖淫为生。这个时候皇帝连饭都吃不上，自然不可能“抗逆”。
陆雍十一年(1568年)，商洛的织田信郎给了皇帝大量的财产，皇帝才摆脱了卖淫的窘境。但“六日妖王”不是慈善家。虽然他时不时给皇帝大量的财产，但他不给皇帝领地。丰臣秀吉更进一步，把整个朝廷的饭碗都握在武士政权手里，天皇完全失去了经济独立。
德川家康将信长奥德和丰臣秀吉的做法制度化，天皇和政府的主要收入来源是江户幕府每年给予的十万石(后来增加到二百万石)。天皇的其他收入来源被江户幕府切断，天皇的言行也受到江户幕府“禁华公法”的制约，这就杜绝了天皇“谋反”的可能性。
一般来说，镰仓幕府时期的天皇是地方政府，有自己的地盘，甚至有武装力量，自然有实力发动“皇权叛乱”。从室町幕府到江户幕府期间，日本天皇逐渐失去了所有的领土，完全从地方政府变成了幕府的傀儡，自然不可能发动“皇民起义”。
