1.将头部变色的肉苁蓉用开水烫一下或切掉变色的头部，然后将肉苁蓉放在干净的水泥地面或其他非金属器具上晾干，每天翻动2-3次，防止霉变，晾干完全(含水量10%以下)，然后收集包装。
2.肉苁蓉容易发霉生虫。有害仓虫主要有药材A、烟草A、谷锯贼等。在储存过程中，如发现受潮和轻微虫蛀，应及时拆封晾干，或用热蒸汽蒸透晾干，再重新包装保存。量大或严重时，可采用密封抽氧、抽氮的方法治愈，或用溴甲烷、磷化铝熏蒸。
