九寨沟的水之所以是蓝色的，主要是因为瑞利散射效应。九寨沟的湖水呈蓝绿色，说明中短波长的散射大于长波长的散射。之所以在九寨沟湖水中尤为突出，是因为九寨沟的植物郁闭度高，水循环条件顺畅，这样湖水才会异常清澈透明。
气候
九寨沟海拔约3000米，属湿润的高原气候。春天，九寨沟气温低，变化大，平均气温大多在9℃-18℃之间。四月前有冻土和雪。九寨夏季气温上升迅速且稳定。平均气温19-22℃，晚上冷要准备薄毛衣；秋季天气清爽宜人，气温多在7-18℃，昼夜温差大，尤其是10月后的深秋。10月底后出现冻土；冬天更冷，气温大多在0℃左右。中部地区的诺维茨基年平均气温7.3℃。九寨沟降雨量少(每年不足600毫米)且集中，7-8月是典型的雨季。
九寨沟自然保护区南高北低，山谷幽深，高差差异很大。该区北缘九寨沟口海拔仅2000米，中部峰峦都在4000米以上，南缘4500米以上，主沟长30多公里。而且两边的山峰基本上终年积雪。
九寨沟位于青藏高原向四川盆地的过渡地带。地质背景复杂，碳酸盐分布广泛，褶皱、断层发育，新构造运动强烈，地壳大幅度抬升，各种力量相互交织，造就了各种地貌，发育了大规模的喀斯特钙华沉积，以植物喀斯特钙华沉积为主，形成了绚丽典雅的湖泊、湍急的溪流、飞珠溅玉的瀑布、古老幽深的林莽、九寨沟。
