由于合肥南站出入道路较多，为防控疫情，到达厅至北广场、到达厅地下车库、到达厅公交落客区等部分出入道路临时封闭或限行。在这种情况下，可以改走其他便道，或者询问站内工作人员。虽然南广场早已开放，但由于疫情防控需要，南广场入口关闭。乘客请绕行北广场入口或东、西落客站台入口。
此外，目前南站东、西出口均设有进出省通道，出站旅客可根据其方向通过不同通道出站。
需要换乘地铁的乘客也要注意，合肥轨道交通1号线合肥南站出入口暂时封闭。在此期间，3号出入口将作为省外化肥工人的通道，5号出入口将作为省内化肥工人的通道。
核酸检测
以前出南站只需要测体温查卫生码。2022年，根据合肥最新防疫规定，外省旅客应在48小时内出示核酸检测报告。不过不做核酸也不用担心，因为目前在南站东口2、西口2、北口设置了三个临时核酸检测点，为来(回)肥的旅客提供免费检测，既方便了旅客出行，又实现了对到站旅客的动态监控。更何况，即使有核酸报告，如果快48小时了，也可以主动提出做免费核酸检测。合肥南站核酸检测点工作时间:周一至周四8:00-23:00，周五至周日8:00-24:00。
用于温度测量的扫描码
合肥站直属站合肥站、合肥南站加强旅客测温筛查，进站测温通道13条，出站测温通道7条。合肥站直属各站出入口均设置测温点，确保快速进入，检查完整。南站的出入口也安装了测温门。
南站到达大厅东侧原来的扫码测温点向西移动了20米左右。现在红枫站旁边，乘客进站请主动测温扫码。目前，南站已在枢纽换乘大厅入口处设立工作人员岗位检查，发现未戴口罩者禁止进站。要求所有员工戴口罩，车站工作人员发现乘客出站时没有戴口罩。按照规范，所有乘客出站时都要戴口罩。目前南站温度正常的会放行。如果不正常，工作人员会用手持测温枪和水银温度计进行复检。如体温仍不正常，带至观察室，通知120救护车处理。
消毒
站内，铁路部门加大了候车大厅、出入口车站等人员密集场所和车站安检仪、直梯、旅客座椅、厕所、自助设备等旅客频繁接触部位的消毒频次，确保短时间内完成大面积喷洒消毒。目前，南站已加大监测卡点布局，每天投入疫情防控人员120人左右，确保停换乘区域旅客监测全覆盖。南站管理处也加强了公共区域的防疫消毒。电梯、卫生间等重点区域1小时/次；地铁入口、大堂出入口、网约车等候区、出租车等候区等公共区域4小时/次；在观察室待4小时/次。紧急情况下，全程跟进杀。每天对南北广场25个空调音室约420个静电过滤器进行消毒，对消毒站区域所有空调音过滤器进行分批清洗，保证每周清洗频率。
