南京港客运站分为中山码头、四号码头，两处相距不远。
中山码头主要是轮渡客运，公交10、31、34、54、150、302、307、809可到达。
四号码头是外地公交10、21、307、309、809、810可到达。。
南京港客运站乘船，既是方便的往来于南京与长江沿岸港口之间，同时也可以从南京开始对 长江三峡 的游览。南京每天还有长江客轮往返于重庆、汉口、南京和上海之间。
方法如下：
1、打开“新海港”对话框，点击菜单“购票服务—预约购票”。
2、跳转至“航班查询”界面，选择航线、票类、始发港，点击查询。
3、选择航班日期及开航时间，点击购买即可。
南京长江大桥轮渡营业时间：每年6月至9月期间，6:00-19:30；每年10月至次年5月期间，6:00-19:00。
运营方式：两艘船码头两岸同时对开方式运营，全天预计航行66航次。
运行间隔：
1、平峰时段：约30分钟一班。参考时段为6:00—6:30、9:00—15:30、19:00—19:30。
2、高峰时段：约20分钟一班。参考时段为7:00—8:40、16:00—18:40。
轮渡优惠政策：
1、70周岁以上老人、残疾人、见义勇为人员等刷卡乘坐公交，予以免费。
2、特定人群凭有效证件乘坐轮渡，予以免费，包括离休干部、残疾军人、因公致残人民警察、盲人、现役军人和离退休军人、优抚对象，在本省获得国家无偿献血奉献奖、无偿捐献造血干细胞奖和无偿献血志愿服务终身荣誉奖的个人，以及其他法律法规规定的免费乘坐城市公共交通工具的人员。
3、换乘优惠：首次刷卡计时（地铁、有轨电车按刷卡进闸机计时）90分钟之内，公交车、有轨电车、轮渡之间换乘，地铁换乘公交车、有轨电车、轮渡，优惠1.60元／人次；公交车、有轨电车、轮渡换乘地铁，优惠1.00元／人次。
