质细胞可以说是一个器官内，承担该器官功能的细胞，间质细胞是这个器官内存在的那些辅助实质细胞完成器官功能的细胞。
比如脑内的神经原细胞就是实质细胞，神经胶质细胞起支持营养神经细胞的作用，算是一种间质细胞，再如肝脏细胞是实质细胞，肝小叶间的纤维细胞就是间质细胞，起支持作用.
从分子水平看，细胞分化意味着各种细胞内合成了不同的专一蛋白质，而专一蛋白质的合成是通过细胞内一定基因在一定的时期的选择性表达实现的。因此，基因调控是细胞分化的核心问题。同一生物体内细胞的基因是相同的；细胞分化的实质是由于基因的选择性表达，不同细胞中的mRNA种类不同，因此翻译得到的蛋白质不同，而蛋白质又是细胞功能的主要承担者，所以出现了细胞分化；正常细胞中的染色体结构是相同的。 应该是mRNA的变化 即基因的选择性表达 ,导致细胞新的，特异性的蛋白质的合成，从而在生化、结构以及功能上发生变化
