03出来的时候漫画还没到第8卷，所以03是脱离了原著漫画原有剧情的作品，当然也借用了一些漫画情节(漫画情节的1/9左右)。
和漫画版03动画(也就是所谓的第一季)在主要剧情上完全不同。基本上可以说除了个别人的名字和外形之外，没有什么共同点(不过更接近原著漫画的风格，比如馒头脸)。比如动画版03里的但丁，漫画里没有这个人(那个但是丁原是爱德华的父亲用炼金术固定的一个灵魂。他的父亲原本是奴隶，被国王派来照顾但丁，因为但丁知道如何制造贤者之石。最后他们以牺牲一个国家为代价修炼了贤者之石，但丁的长相和爱德华的父亲一模一样)；还有03版全师父的孩子没有出现在漫画里；03年爱德华的妈妈变成了人造人，漫画里也没有这个人……像这样的根本区别还有很多，不能一一列举。
09/FA是根据漫画原著剧情改编的动画，所以与03版无关。你可能觉得前几个字“读”，那是因为03版借用了漫画情节。其实你以为你看到了，但是细节上还是有很多差异的。这些不同的细节加在一起，在未来会成为巨大的差异。
